RU486による中絶では、外科的処置のように無理に力を加えるのではなく、自然流産のように子宮が自ら開き中身を排出する。道具は必要なく、子宮の生理が完璧に尊重されるのである。RU486を使用すれば上で述べたような外科的処置に伴うあらゆるリスクを避けることが可能である。しかしながら、RU486による中絶にもリスクはある。 → 重大なリスク

● 中絶失敗の可能性が10~15パーセントある。中絶に失敗し妊娠が継続した場合には、胎児が障害を持つ可能性もある。

● 大量の子宮からの不正出血はしばしば起こる。まれではあるが他の箇所から出血する場合もある。このリスクに対処するため、中絶後は医師が女性の経過をよく管理することが求められる。 → より小さなリスク

● 痛みを伴う子宮収縮が起こることがある。ただし、鎮痛剤が必要になることはまれである。

● 妊娠が中断したにもかかわらず、胎児が排出されないことがある。この場合、外科的処置が必要になる。ただし、近い将来には、プロスタグランジン（子宮収縮薬）を使って外科的処置なしに排出できるようになるだろう。